Kırıkhan'ın tarihi yapısı İSA'nın doğumundan 3000 yıl öncesine kadar uzanmaktadır. Bağlı bulunduğu Hatay merkezi ile tarihi bir uyumluluk gösteren İlçe merkezinde orta paleolitik döneme ait kalıntı bulunmamakla birlikte sırasıyla Akat, Hurr, Hitit, Asur ve Pers akınları ile kısa süreli yerleşimlerin yöre için söz konusu olduğu kesindir. Özellikle milattan 33 yıl öncesine kadar Makedonyalı Büyük İskenderun Pers İmparatorluğunu yıkması ile birlikte kurulan yeni düzen Kırıkhan'da yoğun yerleşimlere sahne olmuştur. Gerek bu yıllarda gerekse daha sonraki dönemlerde şimdiki Alaybeyli bölgesinin iskan edildiği tespit edilmiştir.
Helenistik dönemin izlerini taşıyan Darb-ı Sak kalesi ile ova boyunca bir dizi halinde yer alan höyükler Kırıkhan'ın bir güvenlik ve haber alma merkezi olarak düşünüldüğünü ortaya koymaktadır. Halen tescilli 34 höyük mevcuttur.
Kırıkhan Akdeniz den doğuya açılan ticaret yollarının kesiştiği yer olması özelliğini taşıyan İskenderun'dan Halep'e, Antakya'dan Kahramanmaraş'a ve Gaziantep'e giden yollar buradan geçtiği için Osmanlı İmparatorluğu döneminde de yerleşim bölgesi olarak gelişimine devam etmektedir.
Osmanlı imparatorluğunun son dönemlerinde Belen kazasına bağlı bir nahiye iken 1924 yılında İlçe merkezi olan Kırıkhan, l939 yılında Türkiye Cumhuriyeti yönetimine girmiştir.
Kırıkhan adının nereden geldiği konusunda iki ayrı görüş bulunmaktadır. Bunlardan birisi ticaretin yoğun olduğu yıllarda kervanların konaklaması için yapılan kırıkhanın bulunduğudur, diğeri ise geçmişte bir hanın varlığı ve bunun oldukça bakımsız ve kırık dökük olmasıdır.