Elimizde kesin deliller olmamakla beraber, Ağlı’nın tarihi İlk Çağın derinliklerine kadar inmektedir. Bu devirlere ait buluntular çeşitli uygarlıkların bu topraklar üzerinde gelip geçtiğini göstermektedir. M.Ö. 1100-700 yılları arasında Kastamonu ve çevresinde Paflagonyalıların egemenlik kurdukları bilinmektedir. Kastamonu tarihi, Ağlı ve çevresinde Bizanslılar, Danişmendler, Çobanlar ve Candaroğulları gibi kavimlerin hüküm sürdüğünü göstermektedir. Ağlı uzun süre Bizans egemenliği altında kalmıştır. O devirden bugüne kadar gelen en önemli eser Ağlı Kalesi'dir. İsmail Bey’in Fatih’e direnmeyip, kardeş kanı dökülmesini önlemek amacıyla egemenlik haklarından vazgeçmesi üzerine Kastamonu ve çevresi de Osmanlı İmparatorluğu’na katılmıştır. 1918 yılında da belediye teşkilatı kurulmuştur. 9 Mayıs 1990 tarihinde kabul edilen ve 20 Mayıs 1990 tarihinde yürürlüğe giren 3644 Sayılı Kanuna göre ilçe olmuştur.